In una padella larga scaldare l'olio e su fiamma media rosolare le cipolle per 15 minuti.
Nel frattempo incidere le salsicce in verticale con un taglio profondo e cuocerle in una padellina ben calda su entrambi i lati. Farle intiepidire e poi tagliarle a fettine sottili.
Accendere il forno a 220°. Aggiungere alle cipolle i pomodori pelati un po' schiacciati, il peperoncino e le salsicce a fettine. Mescolare bene il sugo e lasciarlo insaporire su fiamma bassa per una decina di minuti.
Tagliare il pane a fette sottili e disporne la metà in una teglia bassa da forno. Versare sopra il pane metà del sugo e spolverizzare con 1/3 di pecorino. Distribuirvi il resto del pane, del sugo e spolverizzare l'ultimo strato col resto del pecorino.
Infornare l'acquacotta di Moggiona per 10-15 minuti, fino a che il formaggio si sarà sciolto bene.